Игрок управляет охранником Барни Калхауном — одним из сотрудников комплекса Чёрная Меса. События происходят параллельно сюжету оригинального Half-Life: пока Гордон Фримен пытается остановить катастрофу, Барни пытается выжить и выбраться из разрушенного научного центра. После эксперимента, вызвавшего межпространственный резонансный каскад, комплекс заполняют инопланетные существа и военные подразделения HECU. Барни помогает учёным, сражается с монстрами и ищет путь к эвакуации. Игра сохраняет фирменную атмосферу: - научная фантастика, - изоляция, - напряжённые перестрелки, - постепенное раскрытие катастрофы через окружение, а не через кат-сцены. Сегодня Half-Life: Blue Shift считается важной частью классической серии и дополняет историю мира игровой вселенной.